Odkrycia Kodeksu Mikołaja z Koźla dokonał następnie wrocławski archiwista i późniejszy profesor Uniwersytetu – August Heinrich Hoffmann von Fallersleben. W 1827 roku wiadomość o znalezisku przesłał swojemu czeskimu koledze – Václavowi Hance – w rewanżu za udostępnione wcześniej źródła literatury niemieckiej odnalezione w Pradze. Do wiadomości dołączył krótki opis dzieła, wymienił jego ważniejsze teksty, a odpowiedni komunikat zamieścił także w jednym z wrocławskich czasopism. Od tamtej pory kodeks nieustannie budzi zrozumiałe zainteresowanie w kręgach naukowych. Opublikowano na jego temat wiele prac z zakresu paleografii (W. Wattenbach), historii literatury (A. H. Hoffmann von Fallersleben, V. Hanca, J. Feifalik) i slawistyki (W. Nehring), analiz muzykologicznych (J. Wolf, F. Feldman, H. Feicht, F. Mužikowa, J. Morawski, A. Dygacz), a także filologicznch (J. Klapper, R. Jakobson, S. Bystroń, J. Krzyżanowski, S. Rospond) oraz historycznoliterackich (J. Vilikowski, A. Lubos, J. Klapper, W. Göber, K. Kantak i Z. Nejedlý). Powstałe niejednokrotnie rozbieżności w interpretacji źródła wynikają zapewne ze złożonej historii terenu Śląska i Moraw – typowej dla pogranicza, a nierzadko również późniejszego narodowościowego podejścia samych badaczy lub też zwyczajnych pomyłek.
Należy pamiętać także o współczesnych im możliwościach technologicznych poszczególnych badań. Tekst rękopisu Mikołaja z Koźla nie jest łatwy do odczytania. Pomimo zapisania w kształtujących się dopiero językach narodowych: niemieckim, czeskim oraz polskim, w gruncie rzeczy stanowi manuskrypt łaciński. Zawiera w dodatku sporo średniowiecznych skrótów pisowni, tzw. abrewiatur.
Popularność Kodeksu Mikołaja z Koźla potęguje wspomniana żakowska pieśń. Zapisana na stronie 4r, a następnie zaczerniona atramentem (prawdopodobnie przez samego czcigodnego franciszkanina) od początku stanowiła niemałą sensację. Odkrywała jednak swoje oblicze stopniowo. Utleniający się z wiekiem inkaust wierzchni stanowił swego rodzaju konserwant dla samego tekstu. Z chemicznego punktu widzenia atrament blaknie pod wpływem kontaktu z powietrzem i jest rzeczą naturalną, że warstwa wierzchnia stanowiła ochronę przed utlenianiem. Potrzeba było zatem upływu wielu lat, aby można było poznać ostateczną treść zapisanej pieśni. Wystarczyło jednak rozczytanie zaledwie incipitu, żeby zorientować się w tematyce utworu i na dobre rozniecić wyobraźnię naukowców. Dopiero pod koniec XIX wieku udało się odczytać zamazany fragment karty 4r prawie w całości. Dokonał tego Polak, wybitny slawista Władysław Nehring – profesor Uniwersytetu Wrocławskiego, znawca literatury staropolskiej, który już wcześniej zajmował się literaturą polską na Śląsku. On jako pierwszy użył określenia Cantilena Inhonesta i podobnie jak Hoffmann von Fallersleben oraz ich następca – Zdenek Nejedlý wskazywał także na czeski rodowód tego utworu.
Zasadniczy zwrot w sprawie pochodzenia pieśni przyniósł jednak artykuł „Slezsko-polská cantilena inhonesta ze začátku XV. Století” (Śląsko-polska cantilena inhonesta z początku XV wieku) znakomitego rosyjskiego językoznawcy – Romana Jakobsona, opublikowany w Pradze dwukrotnie w latach 1934/35. Niekwestionowany autorytet jednego z największych filologów XX wieku, a także zawarta w samym tytule klasyfikacja utworu pod względem przynależności narodowościowej, zmieniły zasadniczo podejście naukowców do dalszych opracowań tekstu. W upowszechnienie wniosków Jakobsona zaangażował się Julian Krzyżanowski – wybitny polski historyk literatury i folklorysta, recenzując w poczytnym „Ruchu Literackim“ pracę Rosjanina w 1935 roku, a także publikując dwa lata później artykuł na ten temat w prestiżowym tygodniku „Wiadomości Literackie“. Wkrótce również zamieszcza „swoją“ opinię w tomie prac „Od średniowiecza do baroku“ (1938), który staje się klasycznym zbiorem studiów historycznoliterackich, cytowanym obowiązkowo i zalecanym jako lektura kolejnym pokoleniom studentów polonistyki. Odtąd przez długie lata panować będzie przekonanie o odnalezieniu „najstarszej poezji w języku polskim“ – zapisanej jeszcze przed Rejem i Kochanowskim.
U dołu tej samej samej karty, na której Mikołaj wpisał tekst pieśni, znalazła się także osobliwa figura geometryczna: prostokąt podzielony na 28 kwadratowych pól – w czterech rzędach i siedmiu kolumnach. Każde pole zawiera jedną bądź dwie litery alfabetu, przy czym wszystkie należą do zestawu pierwszych siedmiu liter alfabetu: A, B, C, D, E, F oraz G, co skłonić może do przypuszczenia, że Mikołaj posłużył się wspomnianą figurą do zapisu jakiejś melodii. Tym tropem poszedł Adolf Dygacz – zasłużony badacz pieśni ludowej. Założył, że tabelka stanowi literowy zapis melodii „Żałoby na pannę”. Zastrzegł co prawda, że niestety nie ma w rękopisie żadnej adnotacji, wskazującej na związek powyższego zapisu muzycznego z tekstem poetyckim pieśni erotycznej – wysunął jednak hipotezę, że nie jest wykluczone, iż był to tylko szkic melodii, którą Mikołaj z Koźla zamierzał później zapisać w obowiązującym wówczas zapisie muzycznym, a mianowicie neumach menzuralnych epoki Ars nova. Oparłszy swoje przypuszczenia na dość wątłych w gruncie rzeczy przesłankach, dał transkrypcję odczytanej przez siebie melodii zakładając, że pojedyncze litery w kratkach należy traktować jako ćwierćnuty, podwójne jako ósemki.
Hipotetyczny zapis melodii “Żałoby na pannę” z Kodeksu Mikołaja z Koźla
Transkrypcja Adolfa Dygacza