W 2000 roku ukończył studia w Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie w klasie prof. Joachima Grubicha. W późniejszych latach był stypendystą doktoranckim w University of North Texas (USA), gdzie studiował pod kierunkiem wybitnego pedagoga prof. Jesse E. Eschbacha. 

Nagrał ponad dwadzieścia płyt CD z muzyką organową dla renomowanych wytwórni płytowych, a w 2012 roku nakładem wydawnictwa POLIHYMNIA ukazała się jego monografia – „Główne tendencje rosyjskiej i radzieckiej muzyki organowej”. Pod jego redakcją w wydawnictwie „Polihymnia” Lublin ukazały się cztery zeszyty z utworami Mariana Sawy. Wielu współczesnych kompozytorów pisało dla niego swoje utwory m.in.: Marian Sawa, Krzesimir Dębski, Adam Sławiński, Paweł Łukaszewski, Miłosz Bembinow, Alicja Gronau-Osińska, Dariusz Przybylski, Weronika Ratusińska, Piotr Tabakiernik, Ignacy Zalewski oraz Piotr Wróbel. Marian Sawa dedykował mu osiem z jedenastu skomponowanych dla niego utworów.

Jan Bokszczanin koncertuje w większości krajów Europy, Rosji, Azji oraz USA. Występował z recitalami organowymi w tak prestiżowych miejscach jak: Katedra Notre-Dame de Paris, Katedra we Freibergu, Katedra w Brugii, University Chappell w Glasgow, Katedra Katolicka w Moskwie, Meyerson Symphony Hall w Dallas (USA) oraz Katedra Matki Bożej Anielskiej w Los Angeles, w której 11 listopada 2018 roku wykonał koncert w setną rocznicę odzyskania przez Polskę Niepodległości. Pracuje na stanowisku profesora na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina (filia Białystok). Piastuje także stanowisto Prodziekana na tej Uczelni. W 2019 roku Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego przyznał mu honorową odznakę „Zasłużony dla Kultury Polskiej”.